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衛生署疾病管制局截至10月11日為止，確認台灣今年9月發病，或診斷的法定傳染病確定病例共2447例，直接死因為法定傳染病的病例數共42例，其中36例結核病、5例AIDS相關死亡，及1例急性病毒性B型肝炎。
今年9月2447例確定病例中，無第一類傳染病；第二類傳染病有432例，占確定病例總數17.7%，前三位依序為219例HIV/AIDS、173例登革熱，及10例急性病毒性A型肝炎；第三類傳染病2015例，占確定病例總數82.3%，前三位依序為1409例結核病、386例梅毒、115例淋病。
6月份進入登革熱流行期，9月份共有173例確定病例，包括160例本土、13例境外移入，本土病例發病日介於9月1日至9月30日，80例居住於高雄市，74例居住於高雄縣，5例居住於屏東縣，1例居住於台南縣七股鄉；境外移入病例越南、菲律賓、柬埔寨各3例；印尼、孟加拉、泰國、馬來西亞各1例。